Переномерация

При сборке схемы по п.1 и п.2 получим схему с подчеркнутыми компонентами, примерно как на рисунке ниже

 

Далее необходимо выполнить перенумерацию компонентов (вручную или автоматически), рассмотрим автоматический способ.

Инструменты->Переномерация->Обновить список->Применить (Создать ECO)

Схема примет вид примерно как на скриншоте ниже

Как видно, у всех элементов вместо знаков «?» появились индивидуальные номера.
После проделанных операций необходимо сохранить наш проект и подпроекты Schematic и PCB.